In Heroes Rise: Prison Break - Parte 2, il tuo personaggio è in una terra strana in cui tutti gli eroi sono stati sconfitti e messi in prigione. I cattivi sono ora al comando. Stranamente come ti trovi in questa terra, ti rendi conto di non essere nel tuo corpo, ma invece vivi nel corpo di un traditore. Questo traditore è odiato perché ha tradito gli eroi che sono in prigione ed è per questo che sono stati messi in prigione. Quindi, ora in qualche modo devi giustificare la tua esistenza e scoprire come far uscire tutti di prigione.