In Hunter: Space Pirates, la storia inizia con un ragazzo di tre anni che è misteriosamente separato da sua madre. Il ragazzo viene accolto da una coppia di buon cuore che sta soffrendo la perdita del figlio e trova conforto nelle loro cure. Suo padre adottivo, un pilota di combattimento della Marina in pensione soprannominato "Viper", ispira il fascino del ragazzo per gli aeroplani.
Tuttavia, la tragedia colpisce di nuovo quando la coppia perde la vita in un tragico incontro con un orso grizzly. Ora sull'orlo dell'adolescenza, il ragazzo è posto in una nuova casa adottiva, dove deve adattarsi alla vita insieme a quattro donne. Mentre naviga su questo nuovo capitolo, le sue interazioni con le donne intorno a lui modellano il suo viaggio di auto-scoperta e la comprensione delle relazioni, dell'amore e dell'identità.